一世紀至二世紀時的南匈奴內附期間，作為一個獨立的民族從中國歷史中逐漸黯淡。匈奴後裔成為中國居民之後，逐漸改為漢姓。其後裔多生活在今天的陝西、山西、山東和福建等地。
如位於江蘇蘇州的金氏，位於福建福安市賽岐鎮宅裏村的金氏，位於河南省鶴壁市的赫連氏，位於安徽省皖南東至縣南溪古寨金氏，甘肅省蘭州市榆中金崖鎮金氏，浙江省浦江縣鄭宅鎮後路金村金氏，山東省文登市叢氏－傳説皆為匈奴金日磾的後裔。融入匈奴人中的月氏人，稱為匈奴別部盧水胡。其中沮渠家族推後涼漢官段業為主，在現甘肅地區建立政權，史稱北涼。後沮渠蒙遜殺段業，自立為北涼主。
一小支匈奴進入遼東半島，融入靠近高句麗的宇文鮮卑部落。後來宇文氏篡西魏建立的北周政權。之後楊堅篡奪北周政權，建立隋朝，並統一中原。匈奴也在這期間融入各民族之中。五胡亂華及南北朝時代成為匈奴在中國歷史舞台上的最後一場演出。
