微信商家收款是要收取手續費的。就和淘寶的支付寶支付一樣是需要收取第三方支付費用的，微信商家收款手續費費率最低為0.6%最高為2%，收費的具體費率情況與交易的產品類型有關係。
另外申請微信支付還有要求，第一你需要根據不同行業繳納不同的保證金，保證金最低為5萬。需要相關行業的相關證件。另外需要您的公眾號服務號，並且認證通過。
獲得的《微信支付類目及費率對照表》，對接入微信支付的商户，微信將收取5萬保證金以及0.6%~2%不等的支付手續費費率。微信將給商户開設專屬的財付通賬號，交商户自己管理，商户自己將保證金放進財付通賬號，由微信/財付通凍結。
而在賬期方面，微信採取的是T+3結算週期。與支付寶不同，微信支付是即時到賬模式，非擔保交易，買家付款後，資金直接進入賣家財付通賬户，3天后可結算、提現。
據瞭解，5萬的保證金與其它電商平台相比並不算高，天貓商户入駐的保證金大致分為5萬、10萬、15萬3檔，而京東的商户入駐保證金分為1萬、3萬、5萬、10萬等幾檔。
