會計集中核算制度實施難點在於:1、部門預算工作規範以及集中核算體系未完善。2、會計核算難以適應部門的財產物資管理工作。3、難以確保核算內容的真實性及合理性。4、不利於資金籌集主動性和使用及時性的體現。其中會計集中核算制度指通過成立會計集中核算機構,在核算單位資金所有權、使用權、財務自主權不變的前提下取消行政事業單位的銀行賬户,並由會計核算中心統一開設單一賬户以統一辦理資金結算、會計核算和會計監督的制度。