從性質來講，農行是國家級的，農商行是地方性質的，而且是由農村信用社改制而來的。從佈局來講，農行是遍佈國內外的，農商行只佈局了我國26個省、自治區以及4個直轄市。資產規模也大相徑庭，截至2018年，農行資產規模達21.05萬億元，截至2016年底,全國農商銀行資產規模20.2萬億元。另外，很多農行的業務，農商行是做不了的。
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中國農業銀行（以下簡稱農行）曾是國有獨資商業銀行，農信社與農行是脱離行政隸屬關係的，後由國有獨資商業銀行整體改製為股份有限公司，是我國五大行之一（中農工建交）。
農村商業銀行，簡稱：農商銀行，是由轄內農民、農村工商户、企業法人和其他經濟組織共同入股組成的股份制的地方性金融機構。農村合作銀行要全部改製為農村商業銀行。
中國農業發展銀行是直屬國務院領導的中國唯一的一家農業政策性銀行。（政策性銀行是指由政府創立，以貫徹政府的經濟政策為目標,在特定領域開展金融業務的不以盈利為目的的專業性金融機構。實行政策性金融與商業性金融相分離）主要職責是按照國家的法律法規和方針政策，以國家信用為基礎籌集資金，承擔農業政策性金融業務，代理財政支農資金的撥付，為農業和農村經濟發展服務。
