税務機關的義務是指税務機關依法對納税人、扣繳義務人在銀行或者其他金融機構的存款賬户進行檢查的義務。税務機關的義務包括依法辦理税務登記並開具完税憑證、保密、多徵税款立即返還、實施税收保全過程中的義務、受理複議、承擔舉證責任。
税務機關因税務檢查等原因掌握納税人的經營、財務狀況或個人財產狀況時，必須為其保守祕密。
納税人超過應納税額繳納的税款，税務機關發現後經核實無誤，有義務立即返還。
税務機關採取保全措施不當，或者納税人在限期內已繳納税款，應立即解除保全措施；税務機關扣押商品、貨物或其他財產時，必須開付收據；查封商品、貨物或其他財產時，必須開付清單。
納税人對税務機關的具體行政行為不服，申請上一級税務機關複議，凡符合法定複議受理條件的，税務機關都有義務受理，並在規定的期限內做出複議決定。
