受託代理負債的核算為組織收到受託代理資產時，按照應確認的入賬金額借記“受託代理資產”，貸記“受託代理負債”科目；轉增或者轉出受託代理資產時，按照轉出資產的賬面餘額借記“受託代理負債”科目，貸記“受託代理資產”科目。其中受託代理負債科目用於核算民間非營利組織因從事受託代理業務、接受受託代理資產而產生的負債，科目可以按照指定的受贈組織或個人，或者指定的應轉交的組織或個人設置明細賬和明細二級科目並進行明細核算，科目的貸方餘額反映民間非營利組織尚未清償的受託代理負債。
