在最後的決戰階段，警方用雙重掉包法成功讓姚可儀再次黑入特工帝國的系統，並在生死最後一刻將文件傳輸給了警方。警方獲得了機密文件後消滅了神祕組織，救出了井進賢的女兒。另一邊，程滔與井進賢在逃離追殺的過程中受了重傷，最後用盡力氣把反派demon架着被牛給撞死了。最後的鏡頭停留在了他們愛玩的魔方上，以開放式結局結尾。
一份暗網解鎖的黑警信息，令警界陷入前所未有的恐慌。為保護證據，警司程滔（張家輝飾）陷入危機，其師父葉志帆（吳鎮宇飾）與兄弟井進賢（古天樂飾）亦因此交惡。警界內部敵友難分。隨着調查深入，一個多年來隱於幕後的恐怖組織漸漸浮出水面，以及一段兒時塵封的回憶引出隱藏着的驚天祕密。
影片一開始，並沒有指明古天樂和張家輝哪一個是黑警，而是在劇情的跌宕起伏中，讓兩人的身份始終保持神祕感，直到影片中段，我們才獲知真相。這種迷惑觀眾視線的手段在第一部中同樣使用過，對第一部有印象的觀眾應該還記得，古天樂和張家輝同屬黑幫販毒組織，但是其中有一個是“遺漏的使徒”，有一個卻在混淆警方視聽，從中牟利。
不過今次的第二部沒打算讓這個謎底顯得過於曲折，古天樂和張家輝的身份只是影片上半部分的猜謎樂趣，下半部分靠的，是動作場面，以及兄弟情深的燃情橋段。
可以明確地説，《使徒行者2》比起第一部，在動作場面上要有意思的多。
比如緬甸仰光的街道槍戰戲份，其實單從槍戰的新穎度來看，並非噱頭稀奇，前所未見，而是在於剪輯的效果。這場戲份分別是警方的支援直升機、古天樂張家輝的射擊，還有匪徒們環繞四周的射擊和轟炸，總共三個行動單元，並不算很多，然而畫面在特寫、近景、中景之間快速變換，節奏感明顯，有着張徹在《獨臂刀》處理方剛與羅氏四虎於酒肆打鬥的那段剪輯效果，只是在本片中，剪輯的速度感明顯要快上三倍。
同時，子彈射擊聲、子彈射入身體聲、射入車輛金屬聲，以及手榴彈等各種音效，皆隨着畫面的快速切換，形成“大珠小珠落玉盤”的節奏感，此時，槍戰的寫實性反倒顯得並非很重要，我們並不需要它像杜琪峯在《大事件》一開場那段15分鐘長鏡頭的寫實調度，只需要一種蒙太奇的舞蹈和音效的搖滾質感。
在最後的決戰階段，警方用雙重掉包法成功讓姚可儀再次深入黑入特工帝國的系統，但傳輸過程中被特工帝國的恐怖分子襲擊，危機關頭姚可儀決定返回車內，在防彈車只剩下1%的防護能力時將文件傳輸給了警方、但是電影中只給出了一聲爆炸聲，卻沒有交代姚可儀的生死問題。
警方獲得了機密文件後阻止了炸彈悲劇的發生、消滅了神祕組織、清理了內部黑警，也救出了井進賢的女兒。
程滔與井進賢在逃離追殺的過程中受了重傷，程滔更是被牛角頂傷了腰部。就在兩人兄弟敍舊的時候，井進賢被demon一槍爆頭，最後程滔與井進賢兩人用盡力氣把反派demon架着被牛給撞死了。程滔和井進賢奄奄一息，但導演並沒有給我們阿井與阿滔死亡的確切鏡頭，給了我們相信阿井和阿滔還活着的美好願望的理由。
最後的鏡頭停留在了他們愛玩的魔方上，以開放式結局結尾。
關於魔方，最深的梗藏在影片的最後一個鏡頭中：
這個每一面只留一個異色模塊在中央的梗串聯了《使徒行者》電影版兩部曲。
在第一部中，阿釘回憶曾看過康Sir單手玩魔方拼出這個圖案。康Sir説道：“這是我兒子教我的，他説這個中心點是他，代表我可以一直保護他。”
這個梗用在第二部裏，也就是上文提過大結局的那個魔方鏡頭，顯然表達的是程井二位兄弟對彼此默默的守護。即使陰陽兩界，這份情誼依舊彌足珍貴，永不褪色。
