1、定義不同：新三板，即全國中小企業股份轉讓系統是經國務院批准設立的全國性證券交易場所，簡稱全國股份轉讓系統。主板上市又稱為第一板上市，是指風險企業在國家主板市場上發行上市。主板市場是指傳統意義上的證券市場，是一個國家或地區證券發行、上市及交易的主要場所。
2、交易規則不同：新三板200人限制和投資者限制決定了較低的流動性。另外，新三板企業的股權高度集中，可流通股權比例低。在交易方式上，新三板可以採取協議方式、做市方式、競價方式或其他中國證監會批准的轉讓方式。而主板、創業板多采用競價交易方式，大宗交易採用協議大宗交易和盤後定價大宗交易方式。
3、信息披露不同：新三板信息披露要求低於主板。新三板僅需年半年報和年報，季報不強制披露，另外還無強制預披露要求。新三板相對創業板規模更小，企業生命週期更前端，行業更細分。
