淮河一部分注入黃海，一部分通過大運河注入長江。主要應該還是注入黃海。
清朝咸豐以前黃河是從淮河入黃海的，後來由於黃河泥沙大量淤積，導致淮河入海口堵塞不通，淮河水被迫從京杭大運河在揚州匯入長江。但由於大運河較狹窄,流量有限，過去淮河兩岸經常發生洪水。
建國後，為了解決淮河水患，修建了蘇北灌溉總渠，引道淮河水沿灌溉總渠流入黃海。同時便於兩岸農業區的灌溉。
目前來説，淮河水主要還是流入黃海，有一部分通過大運河流入長江。
歷史上的淮河是注入黃海的，現在的淮河，洪澤湖以下為淮河下游，有三個入海口。主流通過三河閘，經寶應湖、高郵湖在三江營入長江，是為入江水道，至此全長約1,000公里，注入東海；另一路在洪澤湖東岸出高良澗閘，經蘇北灌溉總渠在扁擔港入黃海；第三路在洪澤湖東北岸出二河閘，經淮沭河，在臨洪口注入海州灣（黃海）
