乙類乙管和乙類甲管的區別主要在於報告時限、隔離措施、區域管理以及交通衞生檢疫等方面體現。乙類乙管是指將乙類傳染病採取乙級管理措施，而乙類甲管是將乙類傳染病採取甲級管理措施。國家採取乙類乙管的疾病多半是一些傳播速度和致死率相對較低的疾病，乙類傳染病一般不會出現大規模的傳染和死亡。
報告時限
乙類乙管和乙類甲管報告時限有很大不同，乙類乙管的傳染病應在24小時內進行網絡報告，而對於乙類甲管的傳染病，一旦發現病情，負責報告的單位要在發現後的兩小時內進行網絡報告。乙類甲管的傳染疾病相對來説緊迫性較強，才能在發現後在更快的時間裏採取相應的措施。
隔離措施
乙類乙管和乙類甲管的隔離措施是完全不同的，乙類乙管傳染病會根據病情的嚴重程度，再採取必要的治療和控制傳播措施。乙類甲管傳染病隔離措施非常嚴格，對於對疑似病人、病人、病毒攜帶者進行隔離治療，並還要對疑似病人、病人、病毒攜帶者的密切接觸者在指定場所進行醫學隔離觀察，這樣做的目的主要是防止傳染病大範圍的傳播。
區域管理以及交通衞生檢疫
區域管理是指對傳染病患者到達或接觸過的場所進行對應的管理，乙類乙管的區域管理，是隻限於傳染病患者接觸的場所內特定密接區域，包括密切接觸的人員進行隔離觀察。乙類甲管的區域管理，是對整個場所以及場所內的人員進行隔離觀察。在乙類甲管傳染病流行階段，可以採取停工、停業、停課、限制聚集性活動以及封鎖疫區等緊急措施。乙類乙管傳染病不實施交通衞生檢疫，不限制人們的出行，而乙類甲管傳染病可以實施交通衞生檢疫，對於到達過高風險地區的人羣可以採取隔離措施。
