住房公積金不會清零。一般來説，在停繳期間，個人賬户裏的公積金是被封存在公積金管理中心，等待轉移繼續繳存，或者到退休時支取。雖然賬户裏的公積金不會被清零，但是停繳超過3個月是無法辦理公積金業務的。
在住房公積金斷交沒有超過3個月的情況下，及時補繳不會對累計年限造成影響。
公積金的補繳是需要通過所在的單位進行的，個人是沒有辦法辦理公積金的補繳匯款。通常情況下，一個企業或是單位每月會對員工的公積金進行繳納，有時可能會因為一些原因出現了多繳或是少繳的情況，公積金管理中心對於企業少繳的部分，會通知用人單位，用人單位會選擇在一個確定的時間，集中統一為員工進行補繳。
如果在3個月內沒有找到新的用人單位補繳住房公積金，可以通過專門的人力資源公司幫忙代繳社保和公積金。
四種情形被納入清理範圍分別是：個人賬户信息不完整不準確、一人有多個賬户、退休後仍繳存的賬户、長期封存賬户。
1、賬户的姓名或身份證號與身份證信息不相符的，由單位經辦人員或職工本人到住房公積金繳存業務受委託銀行網點辦理個人賬户信息變更業務。
2、職工在本市有多個住房公積金賬户的，由單位經辦人員或職工本人到住房公積金繳存業務受委託銀行網點辦理轉移合併業務。職工在外地有住房公積金賬户且封存滿半年的，單位應提醒職工辦理異地轉移接續，將賬户餘額轉入當地城市。
3、任何單位不得為退休職工繳存住房公積金，應當自其退休之日起30日內，為其辦理賬户封存。
4、封存超過一年的職工賬户，繳存單位應逐一核實職工情況，分清類別，及時處理:已離休、退休的，應通知職工辦理離休、退休提取;已死亡或被宣告死亡的，應告知其合法繼承人或受遺贈人辦理銷户提取;已到外地工作且在當地有繳存住房公積金的，應提醒職工在當地辦理異地轉移接續，將賬户餘額轉到外地;非本市户籍離職未再就業或出境定居的，應提醒職工辦理銷户提取;其他情況的，應辦理集中封存(賬户託管)。
