九寨溝的水之所以是藍色的，主要是因為瑞利散射效應的緣故。九寨溝的湖水是藍綠色的，説明會中中短波長的散射大於長波長，而之所以在九寨溝湖水中表現的尤為突出，是因為九寨溝的植物鬱閉度高、水循環條件順暢等原因，這樣湖水就會極為潔淨透明。
氣候
九寨溝海拔約3000米，屬高原濕潤氣候。九寨溝春天氣温較低變化較大，平均氣温多在9-18℃之間，4月天氣前有凍土及殘雪；九寨夏天氣温回升較快且穩定。平均氣温在19-22℃，夜晚較涼宜備薄毛衣；秋天天高氣爽氣候宜人，氣温多在7-18℃，晝夜温差較大，特別是10月後的深秋。10月下旬後有凍土出現；冬季較寒冷、氣温多在0℃左右。中心地帶的諾日朗，年均温7.3℃。九寨溝降雨少（年降雨量不足600mm）而集中，7-8月是典型的雨季。
地貌
九寨溝自然保護區地勢南高北低，山谷深切，高差懸殊，區北緣九寨溝口海拔僅2000米，中部峯嶺均在4000米以上，南緣達4500米以上，主溝長30多公里。峯頂和兩側山峯基本終年積雪。九寨溝地處青藏高原向四川盆地過渡地帶，地質背景複雜，碳酸鹽分佈廣泛，褶皺斷裂發育，新構造運動強烈，地殼抬升幅度大，多種營力交錯複合，造就了多種多樣的地貌，發育了大規模喀斯特作用的鈣華沉積，以植物喀斯特鈣華沉積為主導，形成九寨溝豔麗典雅的羣湖，奔瀉湍急的溪流，飛珠濺玉的瀑羣，古穆幽深的林莽，連綿起伏的雪峯。
