政策一：國外貨物入區保税；
政策二：貨物出區進入國內銷售按貨物進口的有關規定辦理報關，並按貨物實際狀態徵税；
政策三：國內貨物入區視同出口，實行退税；
政策四：區內企業之間的貨物交易不徵增值税和消費税。
綜合保税區和保税港區一樣，是我國開放層次最高、優惠政策最多、功能最齊全、手續最簡化的特殊開放區域。與保税區一詞之差，卻功能更為齊全，它整合原來保税區、保税物流園區、出口加工區等多種外向型功能區後，成為更為開放的一種形態，也更符合國際慣例。
根據現行有關政策，海關對保税區實行封閉管理，境外貨物進入保税區，實行保税管理；境內其他地區貨物進入保税區，視同出境；同時，外經貿、外匯管理部門也對保税區實行相對優惠的政策。企業在綜合保税區開展口岸作業業務，海關、商檢等部門在園區內查驗貨物後，可在任何口岸(海港或空港)轉關出口，無須再開箱查驗。
