消字號和國藥準字號有着本質的差別:
1、消字號僅屬於衞生消毒用品範疇，而國藥準字號是真正具備療效的藥品。
2、消字號僅有消毒功能不具備治療效果，而國藥準字號以治療作用作為首要目標，具有針對性治療功能。
3、消字號產品的許可證發放與管理僅由省級以下衞生行政部門負責，審批時間一個月，檢測指標主要為殺菌作用，審批費用僅數千元;而準字號則專門由國家食品藥品監督管理局審批，並且要經過藥理、病理、毒副作用測試和臨牀驗證等一系列環節，在確保安全有效的情況下才可能批准，整個過程通常需要5-10年，費用也高達數百萬甚至數千萬元。
4、二者在工藝方面的生產條件不同。
