電影背景發生在民國時期，講述了海盜幫主蔡炎(樊少皇 飾)遭遇二當家徐昭(熊欣欣 飾)陷害。後假借失憶被南少林寺方丈慧遠禪師(楊千里 飾)收留。面對海盜追殺，南少林弟子用血肉之軀保護鄉親，這感化了不信天地的蔡炎，幫助他成長為保護一方水土的“怒目金剛”的故事。
武打功夫片的精髓在於其一招一式，出手皆有因，在影片中，共有三次出手，一是海盜之間的利益，二是為堅守國寶，三是為保護黎明百姓。
顯然，影片的格調在逐步升級，主人公要堅守的東西也在發生變化，“為何而打”是少林武功之所以能夠立住的根本，而《南少林之怒目金剛》就解釋了這一點。
