納土納海位於南海西南，馬來半島、加里曼丹島和蘇門答臘島之間，是南海的支海。北面與南海以納土納羣島和阿南巴斯羣島為界，南面經卡里馬塔海峽和加斯帕海峽通爪哇海，西面通過賓坦島和馬來半島之間的海域連接新加坡海峽和馬六甲海峽。
納土納海是一個淺海域，南部30米等深線離各島約15～80公里,但20米等深線多數地段貼近島岸。中部一般水深50米左右，北部大納土納島南側海域最深也只有109米。
海域內島嶼眾多，東北側為納土納羣島，北有阿南巴斯羣島，西側有廖內羣島、林加羣島。中部有淡美蘭羣島、巴達斯羣島等。南部也有島嶼並且較大，有邦加島、勿里洞島、馬亞島、特盧凱爾島和卡里馬塔羣島等。加裏曼丹島和蘇門答臘島為平原泥質海岸，海岸低平多沼澤，岸邊斷續分佈有紅樹林，其它海島周圍多珊瑚礁。
