高倍鏡和低倍鏡的區別在於：高倍鏡物鏡與裝片的距離較近；所看到的細胞數目少形態大；視野相對較暗；清晰度比低倍鏡高。
低倍鏡的物鏡與裝片的距離較遠；所看到細胞數目多形態小；視野相對較明；清晰度相對較低。
使用高倍物鏡之前，必須先用低倍物鏡找到觀察的對象，並調到視野的正中央，然後轉動轉換器再換高倍物鏡。換用高倍物鏡後，視野內亮度變暗，因此一般用較大的光圈並使用反光鏡的凹面，然後調節細準焦螺旋。觀看的物體數目變少，體積變大。
顯微鏡的倍數是相對而言的，一般顯微鏡,轉換的是物鏡，目鏡一般不變，所以用10倍物鏡如果是低倍則40倍物鏡就是高倍，沒有明確的界限，低倍鏡倍數小，看到的細胞數目多，高倍鏡倍數大，看到的細胞數目多，但視野較暗。
