轉基因食品或存在這些危害。
1、改變環境：轉基因食品在種植、生長過程中，與非轉基因作物還是有很多區別的，對土壤和周邊的生態環境會造成一定的影響，且這種影響也不一定是正面的。
2、害蟲升級：轉基因食品本身就還有滅殺害蟲的基因，但是害蟲可以依靠淘汰、進化，對這種特徵產生更高的抵禦性，造成農藥也無法滅殺的可能。
3、減少非轉基因作物：轉基因作物便宜、好種、產量大，因此，許多農户都樂於種植換基因作物，像傳統的非轉基因大豆產地東北，本地大豆逐年減少種植，取而代之的是轉基因大豆，這種情況很有可能造成非轉基因作物種子的停產和滅絕。
4、心理恐慌：即使轉基因食品不存在任何生理性的危害，但是正常人在選擇食品時，任然傾向於選擇非轉基因的，所以，長期食用轉基因食品，並且自己也知情的話，會造成一定的心理負擔，產生心理性疾病。
有觀點認為，吃轉基因食品會“致癌”、“絕育”，種植轉基因作物會導致土地報廢。對此，中國農業大學食品科學與營養工程學院院長表示，這些都是被反覆炒作的不實言論，以前也都多次被澄清過。
關於法國教授用轉基因玉米餵食大鼠產生腫瘤的試驗，歐洲食品安全局已徹底否定了其研究結論；中國消費轉基因油的區域是轉基因發病集中區的言論，因沒有流行病學調查，當時就被醫學專家所否定；關於我國種植轉基因作物導致土地報廢的説法也早已被澄清。
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事實上，我國轉基因棉種植區地力穩定，產量正常，關於吃轉基因食品會導致“絕育”純屬造謠，因為廣西從來沒有種植和銷售轉基因玉米，迪卡玉米不是轉基因品種，謠言提及的《廣西在校大學生性健康調查報告》根本沒有涉及轉基因問題。
