1、學校起源於1983年創建的南京財貿學院。1987年更名為南京審計學院，由審計署和南京市人民政府聯辦。1990年12月轉製為審計署直屬高屬高校。2000年2月，學校辦學管理體制調整為江蘇省與審計署共建、以江蘇省管理為主；同年4月，原南京金融高等專科學校併入，組建新的南京審計學院。2011年獲批為全國首批審計碩士專業學位授權單位，成為教育部、財政部、審計署和江蘇省共建高校。2013年獲批為碩士學位（學術學位）授權單位。2015年12月正式更名為南京審計大學。2017年，學校成為江蘇省省級博士立項建設單位。
2、南京審計學院入選“中國政府審計獎學金”項目承辦單位、商務部“援外學歷學位教育”承辦單位，被國際內部審計師協會（IIA）認證為中國唯一的“內部審計教育夥伴”（IAEP）合作級高校；是一所以審計為品牌，經、管、法、工、文、理等學科相互支撐、協同發展的財經類院校。
3、截至2020年3月，南京審計大學佔地面積2178畝，建有浦口、莫愁兩個校區；設有17個專業學院（教學部），設有35個本科專業；有7個一級學科碩士學位授權點，8個碩士專業學位授權點；有全日制在校本科生、研究生、留學生共1.6萬餘名；專任教師1100餘人。
