1、微量元素缺乏：
雙子葉植物根系分泌物中的蘋果酸和水楊酸與土壤中的金屬離子形成絡合物，檸檬酸形成絡合物和螯合物。如煙草、土豆、番茄、胡椒等；禾本科植物根系分泌的麥角酸只能與金屬離子形成螯合物。相對而言，根系對螯合物的吸收利用率較高，這也是一些不耐連作的作物連作後養分嚴重缺乏的原因；另一點是一些農作物對某些微量元素的需求量過大，導致土壤中某些微量元素缺乏，進而出現缺素病。
2、病蟲害：
土傳病蟲害是連作作物病蟲害嚴重減產和加重的重要原因之一。這類作物不耐連作的土傳病原菌和蟲卵留在土壤中，影響作物根系的正常生長，造成根系生長不良，地上部分生長受限。即使隔一年種一次，這些殘留的細菌和蟲卵仍然會對它產生一定的影響，這就是所謂的輪作。
3、根的自毒作用：
這些不耐連作作物的根系會分泌毒素毒害相鄰的根系。在連作和輪作的情況下，根系分泌的毒素會在土壤中積累，對連作作物的根系產生毒害作用，造成作物生長不良、產量低、品質差。
許多朋友估計，他們還觀察到，農村地區的許多作物已經多年沒有在同一塊土地上種植了。其實，其中大部分都是以上三個原因。如果一年四季都這樣種植，病蟲害會更嚴重，產量也會下降。所以最好不要連作。
農作物連作會怎樣是時下很多人都有的疑問，就瞭解常年連作的莊稼與蔬菜非常容易患病，並且其產量相對於不連作的產量一般較低。再者，因為連年施用相同或相似的肥料，並且其連作的農作物又會吸收一定的養分，這樣會使土壤的營養成分不均衡。
連作指的是同一種蔬菜或者同一類科目的農作物連年種植，都可稱之為連作兩種。特別是在連作三年以上的情況下，其危害比較明顯。
