我們經常可以看到小魚在水裏嘴巴一張一合的是在呼吸，也有另一種情況是在進食。當口部和鰓蓋交替開閉時，魚這時不斷的吸水進入口腔，經嚥到達鰓腔與鰓絲進行接觸之後再由鰓孔排到外面，這就是魚鰓進行氧氣交換進行呼吸的過程。有些魚是利用輔助器官來進行呼吸的，比如彈塗魚能依靠它們的皮膚和口腔黏膜二者的呼吸作用來攝取空氣中的氧氣來進行呼吸。有些魚是用魚鰾呼吸，可以儲存氧氣進行呼吸的。
