《無間道Ⅱ》該片講述了1991年香港的時代背景下，香港警方與尖沙咀黑幫倪氏家族互相派遣卧底打入對方內部以及展開的一系列鬥智鬥勇的故事。
故事由陳永仁與劉建明在警校大門外擦身而過開始。1991年，倪氏家族當時穩坐香港尖沙咀的黑幫龍頭位置，旗下有五大頭目分別控制了不同的地區。但龍頭倪坤突然被槍殺，當晚，除了新晉頭目的韓琛(曾志偉飾)之外，其餘四大頭目均欲伺機奪取老大的位置。重案組督察黃志誠(黃秋生飾)及陸啟昌(胡軍飾)也加緊佈署防範，各方都將陷入一觸即發的火線狀態中。倪家接班人倪永孝(吳鎮宇飾)城府極深且心狠手辣，竟憑他一己之力，不費一兵一卒便牽制住四大頭目，成為新任龍頭，也因此引起了重案組黃督察對他的警惕，於是派警校的學生陳永仁(余文樂飾)以被開除的身份作為掩蓋，滲入倪家進行長期的卧底。
另一方面，韓琛為鞏固勢力，也早已安排手下劉建明(陳冠希飾)考進警察部作為自己的卧底。五年後，陳永仁取得倪永孝的信任，在家族中任居要職。劉建明也憑着向警隊提供韓琛的情報扶搖直上，並且對韓琛女友Mary(劉嘉玲)漸生情愫。
倪永孝在一切穩固之後，決定將五大頭目一舉殲滅，使自己的龍頭地位名副其實，於是一夜之間，曾經背叛倪氏家族的四大頭目同時被殺，而韓琛也在泰國受襲下落不明，就連Mary和陸啟昌也沒有逃過此劫。黃痛失好友，決意聯合重出江湖的韓琛向倪永孝反擊，但沒想到韓琛經歷大變，早已不是當初的韓琛，比倪永孝更富有心機，難以控制。倪永孝勢力被徹底清除，黃志誠督察將韓琛的畫像掛在自己對面的牆上。
