金陵十三釵沒有歷史原型。電影的故事以抗日戰爭時期的南京大屠殺為背景，講述了1937年被日軍侵佔的中國南京，在一個教堂裏互不相識的人們之間發生的感人故事。一個為救人而冒充神父的美國人、一羣躲在教堂裏的女學生、14個逃避戰火的風塵女子以及殊死抵抗的軍人和傷兵，他們在危難的時刻放下個人的生與死，去赴一場悲壯的死亡之約。
劇情簡介
1937年，日軍入侵南京，戰火中，六朝古都化為廢墟，眾多中國軍民被困城中。一支十數人的國軍德械教導隊餘部在長官李教官指揮下，從日軍手中救出了一批教會學校女學生，而李教官等人，至此喪失了出城的機會。倖免於難的書娟等學生返回文徹斯特教堂，隨她們一起來到的，還有受僱遠道至此收殮神父遺體的美國人約翰·米勒。
此時的南京城中，逃難的人們蜂擁進安全區和教堂尋找庇護，十四名風塵女子強行進入教堂避難，其中精通英語的玉墨希望藉助約翰的身份為一行人提供更多保護。教堂的牆壁，並不能阻擋日軍的鐵蹄，教堂內的人們，將面臨孰生孰死的選擇。
