合肥學院四年一貫制專業有：土木工程、工程管理。合肥學院和安徽水利水電職業技術學院合作舉辦四年一貫制，學制是四年，學生在安徽水利水電職業技術學院上學，畢業時發的是合肥學院的畢業生學位證。
根據《安徽省教育廳關於開展“四年一貫制”技術技能型本科人才培養模式改革試點工作的通知》文件，2014年起，學校開展“四年一貫制”技術技能型本科人才培養模式改革試點工作。
試點專業屬本科層次，學制四年，學習地點在協議合作的高職院校，“四年一貫制”技術技能型本科專業院校報考代碼單列，新生入學後不得變更學習地點及轉專業。
根據《合肥學院學生學籍管理條例》、《合肥學院學士學位授予工作實施細則》，對符合畢業條件者，頒發合肥學院畢業證書，符合學士學位授予條件者，頒發合肥學院學士學位證書。
畢業證書格式依據《普通高等學校學生管理規定》（教育部令第41號）、《教育部關於當前加強高等學校學歷證書規範管理的通知》（教學〔2002〕15號）和安徽省教育廳有關規定執行，嚴格按照招生時確定的辦學類型和學習形式，以及學生招生錄取時填報的個人信息，填寫、頒發學歷證書、學位證書及其他學業證書。
