深圳二本學校有四個：
1、深圳大學
深圳大學簡稱“深大”，位於中國經濟特區廣東省深圳市，是由國家教育部批准設立，廣東省主管、深圳市人民政府主辦的綜合性大學，入選廣東省高水平大學重點建設高校，為國家大學生文化素質教育基地、全國文明校園、全國首批深化創新創業教育改革示範高校、全國地方高校UOOC聯盟發起單位，設有研究生院。具有推薦免試研究生資格。
深圳大學於1983年經國務院批准創辦。中央、教育部和地方高度重視特區大學建設。北大援建中文、外語類學科，清華援建電子、建築類學科，人大援建經濟、法律類學科。1995年，通過國家首批本科教學合格評價，1996年，經國務院學位委員會批准成為碩士學位授予單位。2006年，經國務院學位委員會批准為博士學位授予單位。
2、南方科技大學
南方科技大學，簡稱“南科大”，是國家高等教育綜合改革試驗校、廣東省高水平大學重點建設高校，由廣東省領導和管理的全日制公辦普通高等學校，是深圳市創辦的一所創新型大學，目標是迅速建成國際化高水平研究型大學。南科大以理、工、醫學學科為主，兼具部分特色人文社會學科與管理學科。
2010年12月，教育部同意籌建南方科技大學。2012年4月，教育部同意建立南方科技大學，並賦予學校探索具有中國特色的現代大學制度、探索創新人才培養模式的目標。2018年5月，南方科技大學獲批博士學位授予單位，成為國內最快獲得博士授權單位的高校。
3、香港中文大學（深圳）
香港中文大學（深圳），簡稱“港中大（深圳）（CUHK-Shenzhen）”，是一所經中華人民共和國教育部批准，按照《中外合作辦學條例》設立，傳承香港中文大學辦學理念和學術體系的大學，為廣東省高水平大學重點學科建設高校。
2012年9月28日，國家教育部正式批准籌建香港中文大學（深圳）；2014年3月21日，國家教育部同意批准設立香港中文大學（深圳）。 香港中文大學（深圳）採用與國際接軌的理事會管理機制，採用理事會領導下的校長負責制，積極探索有中國特色的現代大學制度。學校的特色是國際化的氛圍、中英並重的教學環境、書院制傳統、通識教育、新型交叉學科設置和以學生為本的育人理念。
4、深圳北理莫斯科大學
深圳北理莫斯科大學是由深圳市人民政府、莫斯科國立羅蒙諾索夫大學和北京理工大學三方在深圳合作舉辦的一所具有法人資格的非營利高等教育機構。學校由廣東省人民政府依法進行管理，2017年起面向全球招收本科生和碩士研究生，博士的招生工作將於2018年啟動。
