四川農業大學擁有三個校區，分別是雅安校區、成都校區、都江堰區。四川農業大學源自1906年創辦的四川通省農業學堂，1927年和1935年兩次併入四川大學，1956年由四川大學農學院整體遷往原西康省省會雅安成立四川農學院，1985年更名為四川農業大學。
1.四川農業大學雅安校區：四川省雅安市雨城區新康路46號。四川農業大學雅安校本部校區與雅安市區共生，佔地面積幾乎相當於三分之一個雅安市區。雅安校區由?江分隔老校區和新校區，學校的所有機關職能部門均設置在雅安校區，是學校的“政治”中心。
2.四川農業大學本成都校區：成都市温江區惠民路211號郵編：611130。四川農業大學成都校區位於成都市温江區，佔地面積600餘畝。其前身是1988年經四川省人民政府批准成立的四川農業大學水稻研究所。1990年12月，水稻研究所從雅安遷到温江。
3.四川農業大學都江堰校區：成都市都江堰市建設路288號郵編：611830。四川農業大學都江堰校區位於世界旅遊文化城市都江堰，佔地面積1660餘畝，校舍建築面積12餘萬平方米。其前身是1953年成立的四川省林業學校，2001年4月整體併入四川農業大學設立都江堰分校，2009年11月更名為四川農業大學都江堰校區(2012年2月原小麥研究所地塊整體置入都江堰校區)。
