首都醫科大學臨牀醫學專業學費4600/年；首都醫科大學公共事業管理專業學費5000/年。首都醫科大學嚴格按照本省（市區）物價部門核定的標準收取學費。首都醫科大學本專科生助學金由學校出資設立，資助家庭經濟困難的在校生。
| 大學 | 專業 | 學費（每年） | 學制 |
| 首都醫科大學 | 臨牀醫學 | 4600 | 8 |
| 首都醫科大學 | 公共事業管理 | 5000 | 4 |
| 首都醫科大學 | 生物醫學工程 | 5500 | 4 |
| 首都醫科大學 | 兒科學 | 6000 | 4 |
| 首都醫科大學 | 護理學 | 6000 | 4 |
| 首都醫科大學 | 康復治療學 | 6000 | 4 |
| 首都醫科大學 | 口腔醫學 | 6000 | 4 |
| 首都醫科大學 | 臨牀醫學 | 6000 | 4 |
| 首都醫科大學 | 聽力與言語康復學 | 6000 | 4 |
| 首都醫科大學 | 眼視光醫學 | 6000 | 4 |
| 首都醫科大學 | 藥學 | 6000 | 4 |
| 首都醫科大學 | 中藥學 | 6000 | 4 |
| 首都醫科大學 | 兒科學 | 6000 | 5 |
| 首都醫科大學 | 基礎醫學 | 6000 | 5 |
| 首都醫科大學 | 精神醫學 | 6000 | 5 |
| 首都醫科大學 | 口腔醫學 | 6000 | 5 |
| 首都醫科大學 | 臨牀藥學 | 6000 | 5 |
| 首都醫科大學 | 臨牀醫學 | 6000 | 5 |
| 首都醫科大學 | 眼視光醫學 | 6000 | 5 |
| 首都醫科大學 | 預防醫學 | 6000 | 5 |
| 首都醫科大學 | 中醫學 | 6000 | 5 |
| 首都醫科大學 | 兒科學 | 6000 | 8 |
| 首都醫科大學 | 口腔醫學 | 6000 | 8 |
| 首都醫科大學 | 臨牀醫學 | 6000 | 8 |
數據來源：《北京市招生計劃》及首都醫科大學官網()
