學校創建於1956年，由上海第一醫學院（現復旦大學上海醫學院）分遷來渝組建，原名重慶醫學院，1985年更名為重慶醫科大學。學校是國務院學位委員會批准的首批具有博士和碩士學位授予權的單位，是教育部批准的首批來華留學示範基地。學校2015年成為重慶市人民政府、國家衞生健康委員會（原國家衞生計生委）和教育部共建高校，2016年成為“高等學校學科創新引智計劃”（“111計劃”）首批立項的地方高校之一。
學校由位於渝中區的袁家崗校區和位於重慶大學城的縉雲校區組成，校園總面積2650畝。其中，縉雲校區佔地2100畝，校園環境優美，風景如畫。
現有全日制在校學生25760人，其中研究生5740人，本科生19310人，留學生710人。學校具有招收博士後研究人員，港澳台學生和外國留學生資格。學校現有7個一級學科博士學位授權點、12個一級學科碩士學位授權點，3個博士專業學位授權點、11個碩士專業學位授權點；4個國家重點學科，4個進入ESI全球前1%的學科（2018年3月，科睿唯安發佈），4個重慶市一流學科，12個重慶市“十三五”市級重點學科。在教育部學位中心第四輪學科評估中，臨牀醫學等學科排名全國前列。
