個税申報系統操作流程:1.首先下載安裝自然人税收管理系統,安裝後輸入賬號密碼登錄。2.點擊“人員信息採集”。3.點擊“添加”之後,頁面會彈出填寫框,輸入員工的信息,包括姓名、身份證號碼。4.選中員工信息條,點擊“報送”。5.填寫申報表,點擊主界面的“扣繳所得税報告表填寫”之後,點擊“添加”。6.頁面會彈出報送選擇,勾選報告表,點擊“發送申報”。7.輸入申報密碼,點擊“確認”,點擊確認後,頁面會彈出申報反饋信息,如果顯示申報成功,則使用自然人税收管理系統申報個人所得税就完成了。