會計機構負責人和會計主管人員主要是就職範圍的區別，會計機構負責人指的是設定了會計機構單位所任命的全面負責該機構工作的人員；會計主管人員是指的是在不設定會計機構，只在其他設定專職會計人員的機構單位中行使會計機構負責人職權的人員。
會計主管人員與會計機構負責人同樣是對單位的全部會計工作負有全面組織和領導的責任，然後按照統一規定的財務制度，結合本單位的實際情況，制定本單位的財務會計制度和具體辦法，以及負責組織編制單位的預算、財務收支計劃，檢查預算執行情況，最後負責審查上報的財務會計報表和資料，並做好年終決算工作。
