衛生資訊管理專業就業前景很好，衛生資訊管理專業的畢業生綜合素質強，能夠熟練運用現代資訊科技，協助衛生管理部門對本單位進行科學管理，就業方向廣泛。
國家衛生資訊化“十二五規劃”報告中指出，衛生資訊化發展中存在著缺乏頂層設計和資訊標準，資訊孤島和資訊瓶頸問題突出;醫療服務機構之間總體協同效果差，資訊系統之間缺乏資訊共享和業務協作機制，衛生機構從2009年以來採用的分散式系統建設模式，即獨立建設系統通常都存在著投資分散而導致的系統質量差、多點維護成本高、建設週期長以及資訊準確、安全效能低等一系列問題。構建惠及百姓、服務應用、資源共享、實用互聯的衛生資訊管理平臺迫在眉睫。
衛生資訊管理專業已經逐步搭建其公共衛生資訊網路，但由於省內衛生資訊管理培養途徑的缺乏,相當部分的衛生資訊管理從業人員是由普通計算機專業、醫學相關專業人員轉行而成,這部分人員或者不瞭解相關的醫學知識及醫療機構執行機制的特點,或者缺乏對計算機技術的基本瞭解,且普遍缺乏衛生資訊管理學知識,造成不少工作人員對此崗位的不適,無法在衛生經濟活動中發揮衛生資訊管理人員應有的功能。調研中發現多家醫療機構都明確急需相關的專業人才。
