往來款項中存在的問題包括：
1、企業內部對賬不及時：即企業容易鬆懈對往來款項的管理，從而導致往來款項懸賬或呆賬；
2、往來款項賬務處理不規範：即由於會計人員的問題，容易存在沒有按照會計制度規定對企業的往來款項進行正確賬務處理的風險；
3、存在利用往來款項賬户調節利潤的風險：即企業可以通過將銷售收入或成本費用支出計入應收賬款或應付賬款中以調節利潤和影響税收；
4、存在利用往來款項賬户舞弊的風險：即相關人員可以將匯出的款項計入往來款項中以進行貪污舞弊活動；
5、容易導致賬目混亂：即往來款項由於管理不善，容易造成相關賬目混亂的情況。
