會計委派制在實行中存在的問題主要有：
1、對會計委派制缺乏統一認識，執行過程存在牴觸現象。
會計委派制牽涉到各地、各部門的利益，因此有些單位領導沒有充分認識到會計委派制的重要意義，在執行過程中存在牴觸情緒；
2、會計委派制度建設不盡完善，會計人員後續管理尚需加強。
許多地方尚未建立、完善、管理相應的會計委派制管理制度，使會計委派制這種監督機制不能充分發揮作用；
3、會計委派制理論研究不夠深入。
試行會計委派制度工作涉及許多亟待研究的理論課題，如委派部門、被委派的會計人員與單位負責人應當怎樣劃清會計責任等等；
4、相關配套改革措施滯後。
會計委派制需要與其他經濟改革措施配套進行，目前難以促進會計委派制進一步發展。
