疫情期間企業的員工補貼，根據員工所屬部門可以計入“管理費用”、“銷售費用”或“製造費用”等相關會計科目中。具體會計處理是企業在確認並下發員工補貼時，可以借記“管理費用——福利費”等相關科目，貸記“應付職工薪酬——職工福利費”科目，然後借記“應付職工薪酬——職工福利費”科目，貸記“銀行存款”科目或“庫存商品”等相關科目。
其中“管理費用”科目用於核算企業為組織和管理企業生產經營所發生的管理支出，“銷售費用”科目用於核算企業銷售商品和材料、提供勞務的過程中發生的各種費用；“製造費用”科目用於核算企業生產車間（部門）為生產產品和提供勞務而發生的各項間接費用。
