兩者的區別是：總督權力比巡撫大，但與巡撫之間沒有直接的隸屬關係。總督和巡撫都是對上直接聽命於皇帝，不同的是總督可以管數省，側重軍事，巡撫只管一省，側重民政。
總督：
通常指一個國家的某片相對自主的區域中實際或名義上的最高行政長官。清朝時對統轄一省或數省行政、經濟及軍事的長官稱為“總督”，尊稱為“督憲”、“制台”等，官階為正二品，但可通過兼兵部尚書銜高配至從一品。
與只掌握一省行政事務的巡撫不同，總督兼管數省，同時在政務之外也兼掌軍務。有直隸總督、兩江總督、四川總督、閩浙總督、雲貴總督、湖廣總督、兩廣總督、東三省總督和陝甘總督。
巡撫：
是中國明清時地方軍政大員之一。又稱撫台。巡視各地的軍政、民政大臣。清代巡撫主管一省軍政、民政。以"巡行天下，撫軍按民"而名。
前期督權遠過於撫，如兩江總督按例兼轄江蘇、安徽、江西三省，而末期安徽、江西兩撫即不再聽命於總督。北周與唐初均有派官至各地巡撫之事，系臨時差遣，“巡撫”亦未成為官名。
