1、小產權房的房產證由鄉鎮頒發，個人並沒有實際的產權。大產權房的房產證由國家頒發，被國家認可和接受。
2、小產權房必須在購買滿五年之後才能夠進行轉讓。大產權房可以自由進行使用或轉讓，不用補繳任何費用。
3、小產權房的建設用地一般是歸鄉集體所有，並且這類房產只能由這個鄉的村民購買居住。大產權房的用地是由國家(也就是當地)劃撥或者轉讓的，銷售對象可以是任何人。
1、小產權房沒有房產證：這類住房是建在集體土地上的，不允許對外銷售，沒有法律保證。也就是説，購買這樣的房子拿不到國家發給的產權證。這是由國家的法律和土地的使用性質所決定的。
2、小產權房拆遷難補償：除了不能辦理房產證外，那些便宜房實際上屬於在政府規定範圍以外的違章建築，如果和國家的規劃相沖突，還很有可能被拆除，而且業主也不會得到拆遷安置補償。
3、小產權房質量難保證：房屋質量沒人監督，一些開發商為賺錢會偷工減料，存在安全隱患。這類房屋一般由土地所在村開發，除了房屋質量和房屋售後保修難以保證以外，入住後的物業管理也極容易出現問題。
4、小產權房配套不完善：這些房子幾乎都沒有暖氣、天然氣等配套設施。而且將來一旦出現糾紛，可能連水電都沒有。
5、小產權房遺贈也麻煩：由於缺乏產權，未來在遺產繼承時也會遇到許多麻煩。借新農村建設、舊村改造名義，是小產權房目前普遍的運作模式，具有打擦邊球的性質。
