水利建設基金的會計分錄：計提時，借：税金及附加，貸：應交税費——地方水利建設基金。；實際交納時，借：應交税費—地方水利建設基金，貸：銀行存款。水利建設基金主要用於關係國民經濟和社會發展全局的大江大河重點工程的維護和建設，一般按照增值税的1%來計提和交納。
其計算公式為：水利建設基金=×1%。
水利建設基金免繳範圍未達到增值税起徵點的生產經營單位和個體工商户；國家規定免徵增值税的生產經營收入；駐湘軍工企業銷售軍工產品收入；國防工程、防洪工程、孤兒院、敬老院建設用地；國家規定的其他免徵情形。
地方水利建設基金主要用於地方水利工程建設。
跨流域、跨省(自治區、直轄市)的重大水利建設工程的治理投資由中央和地方共同負擔。
由於中央水利建設基金一般從車輛購置税收入、鐵路建設基金、港口建設費收入等資金中提取，通常大眾所説的企業繳納的水利建設基金一般是指地方水利建設基金。
水利建設基金的計税依據分為兩種情況：以銷售額為計税依據，這裏的銷售額指的就是企業的不含税銷售額，這種方法使用的範圍很廣；以實際繳納的增值税、消費税為計税依據，山東在徵收水利建設基金時，以實際繳納的增值税、消費税為計税依據。
