混合貸款可以先還商貸，具體要求是商貸部分需滿一年後方可提前還款，提前還款的金額為1萬起、一萬的倍數，在滿足以上條件後還要提前一個月預約登記，提前還款後期限不變，按剩餘貸款本金重新計算月還款額。
如今，能夠承辦組合貸的銀行非常少。辦理組合貸的借款人會發現公積金管理中心只是與某一家銀行合作，對借款人申請組合貸業務有很大的侷限性。
1、手續繁瑣
辦理組合貸款，等於要辦理一次公積金貸款和一次商貸，準備材料較多，手續繁瑣，且貸款資金需在辦理完產權過户，並完成抵押登記後才能發放並劃入賣方賬户，需2至3個月。從“組合貸”的操作流程看，貸款時間過長，賣方不願意。
2、手續費多
公積金與商貸均收取擔保費，還有額度不等的評估費。另外借款人若通過中介公司或者貸款服務機構辦理，還需支付服務佣金。如此，組合貸比純公積金貸款或商業貸款的手續費多。
借款人申請組合貸款後，商業貸款的部分會在央行個人徵信系統中留檔，假設購房者想再次買房，將算作二套房。如果直接使用公積金貸款買房，只要借款人將首套房的貸款還清了，再次申請公積金貸款買房，仍按首套房的標準放貸。另外，組合貸款的辦理手續比較複雜，借款人需等貸。
3、置業升級受“牽連”
組合貸的弊端在於借款人置業升級換房時會受到二套房政策的“牽連”。組合貸中，商貸部分會在央行的徵信系統中留檔，置業升級時會被認定為二套。而住房使用公積金貸款還清後賣掉，再次用公積金貸款還將會算做首套住房，按優惠政策執行。
