1、缺少“五證”：有很多的小產權房是沒有合法的房屋產權證，雖然它可以作為住房使用，但它在法律意義上不屬於普通的商品房，它的證件一般不齊全，或是沒有五證。即使買了這種小產權房，購房者也是不能辦理房產證的。
2、拆遷難補償：通常來説，房屋只要依法辦理了審批手續，它就能獲得房產證。但對於一些違章建築，或是未取得房產證的住房，它們本質上和國家法規存在衝突，是要依法拆除的，即使遇上了拆遷，也是很難得到相關的拆遷安置補償的。
3、質量難保證：這種房屋多由當地村開發建造的，土地價格便宜，施工質量無人監督驗收，日後即使發生質量問題，也是難以維權的。
4、不能抵押或者轉賣：由於這類房屋未取得正規的房屋產權證，也未在當地的房產部門進行登記和備案，因此這類房屋是無法正常在市場上交易的，並且它是無法辦理抵押的，這點大家需要注意。
