1、科屬不同：河豚屬於淡水豚，海河豚屬於30多種海洋哺乳動物的總稱。2、形態不同：河豚的體形比海河豚大，可以長到3米長。3、產地不同：河豚棲息於淡水河流，海河豚生活在沿海一帶。4、毒性不同：海河豚的臟器和血液有劇毒，河豚的腹內臟器無毒。
1、科屬區別
河豚也稱為淡水豚，主要有亞馬遜河豚、白鰭豚、恆河豚、普拉塔河豚等。它主要棲息在淡水河流環境中，形狀類似於海豚科。海河豚屬於30多種海洋哺乳動物的總稱，主要棲息在海洋中，有些可以暫時性地在淡水生存。
2、形態區別
河豚的體形比海豚大，可以長到3米長，與海豚不同的是頭部可以旋轉90度，這使得在複雜的河道中佔據優勢。有時也和海豚一樣，集體追趕魚羣從而提高捕食效率。
3、產地區別
河豚總科擁有四個棲息於淡水河流及河口的現存品種，當中三個生活在淡水河中，而另外一個品種普拉塔河豚則是生活在鹹水河口及近岸海洋，然而，於科學分類中，它仍被列入淡水豚總科而不是海豚科。海河豚在我國資源極為豐富，中國沿海產54種，沿海一帶幾乎全年均可捕獲。在長江、珠江則在春、夏之間出現汛期，為沿海及江河中下游的主要漁業對象之一。
4、毒性區別
海河豚分佈在近海及河流入海地段，有些種類的臟器和血液有劇毒。河豚則是哺乳綱淡水豚科動物的統稱，有白鰭豚等，主要生活在江河中，腹內臟器無毒。
