1、自建房在建造房子的時候並不需要繳納相應的税費，而商品房都是需要由開發商建造，房子建造完成之後也是需要支付相應的税費的。
2、商品房的建造成本肯定是比自建房的建造成本高，一般商品房都是高層的房子，樓層最起碼也是需要達到30層，而自建房基本上也只有兩層到三層。
3、商品房的地價是非常貴的，基本上一個城市裏面一塊地價都是需要上億的，所以開發商出售的房子價格肯定會要考慮到成本的。
1、土地性質：自建房一般是用的村裏的集體土地，商品房用的是國有土地出讓地
2、房屋所有人：自建房所有人肯定是建房者自己，而商品房是屬於開發商，再售賣辦證後才屬於購房者。
3、報建審批程序：農村是集體所有制土地，如果是本村的人，就有土地所有權，村集體同意，國家土地部門備案後，就可以自建房。商品房則是在開發商拍下土地後，通過政府審核相關報建資料、設計資料等文件後允許建房，達到可銷售程度後方能上市銷售的房子。
4、使用年限不同：商品房住宅的使用年限一般是70年，宅基地的使用權一般是永久的。
5、買賣限制不同：商品房是可以在市場自由交易的，而農村自建房只能賣給同村也就是同一個集體的村民。
自建房(農民房)是泛指擁有自有土地的單位和個人，自己組織並通過僱傭他人施工，而建造的房屋和建築。自建房是我國傳統建造方式的主流，尤其是在我國農村地區，農村居民幾乎都是通過自建房方式，來滿足各自的居住需求。不能在規劃區以外或建設用地以外建房。
商品房在中國興起於80年代，它是指經政府有關部門批准，由房地產開發經營公司開發的，建成後用於市場出售出租的房屋，包括住宅、商業用房以及其他建築物。
