在2000年，為解決主板市場退市公司與兩個停止交易的法人股市場公司的股份轉讓問題，由中國證券業協會出面，協調部分證券公司設立了代辦股份轉讓系統，被稱之為“三板”。由於在“三板”中掛牌的股票品種少，且多數質量較低，要轉到主板上市難度也很大，因此很難吸引投資者，多年被冷落。
新三板是全國中小企業股份轉讓系統，在場所性質和法律定位上，全國中小企業股份轉讓系統與證券交易所是相同的，都是多層次資本市場體系的重要組成部分，主要為創新型、創業型、成長型中小微企業發展服務。
為了改變中國資本市場這種櫃枱交易過於落後的局面，同時也為更多的高科技成長型企業提供股份流動的機會，有關方面後來在北京中關村科技園區建立了新的股份轉讓系統，這就被稱為“新三板”。無疑，企業在“新三板”掛牌的要求，要高於“老三板”，同時交易規則也有變化，譬如只允許機構投資者參與等。
