一般納税人水利基金計算公式：水利基金=按銷售收入*萬分之6。從事生產經營的單位和個人應當繳納的水利建設資金，由當地税務機關按照繳納增值税和營業税的期限按月或者按季徵收。納税義務人應當按照生產經營收入的0.6‰收取，並自期滿之日起15日內向所在地税務機關申報繳納水利建設資金。水利基金是用於水利建設的專項資金，由中央水利建設基金和地方水利建設基金組成。
中央水利建設基金主要用於關係國民經濟和社會發展全局的大江大河重點工程的維護和建設。地方水利建設基金主要用於城市防洪及中小河流、湖泊的治理、維護和建設。跨流域、跨省(自治區、直轄市)的重大水利建設工程和跨國河流、國界河流我方重點防護工程的治理費用由中央和地方共同負擔。
中央水利建設基金的來源:
(一)從中央有關部門收取的政府性基金(收費、附加)中提取3%。應提取水利建設基金的中央政府性基金(收費、附加)項目包括：車輛購置附加費、港口建設費、鐵路建設基金、市話初裝費、郵電附加、中央分成的電力建設基金。
(二)經國務院批准的其他可用於水利建設基金的資金。
地方水利建設基金的來源:
(一)從地方收取的政府性基金(收費、附加)中提取3%。應提取水利建設基金的地方政府性基金(收費、附加)項目包括：養路費、公路建設基金、車輛通行費、公路運輸管理費、地方交通及公安部門的駕駛員培訓費、地方分成的電力建設基金、市場管理費、個體工商業管理費、徵地管理費、市政設施配套費。
(二)有重點防洪任務的城市要從徵收的城市維護建設税中劃出不少於15%的資金，用於城市防洪建設。具體比例由省、自治區、直轄市人民政府確定。有重點防洪任務的城市包括：北京、天津、瀋陽、盤錦、長春、吉林、哈爾濱、齊齊哈爾、佳木斯、鄭州、開封、濟南、合肥、蕪湖、安慶、淮南、蚌埠、上海、南京、武漢、黃石、荊州、南昌、九江、長沙、岳陽、成都、廣州、南寧、梧州、柳州市，以及省、自治區、直轄市人民政府確定的有重點防洪任務的城市。
(三)經省、自治區、直轄市人民政府批准徵收的用於水利工程和防洪設施建設的各項基金(資金、附加、收費)，統一納入地方水利建設基金。
