過氧乙酸為強氧化劑，有很強的氧化性，遇有機物放出新生態氧而起氧化作用，與次氯酸鈉（又名84消毒液）、漂白粉等被作為醫療或生活消毒藥物使用，為高效、速效、低毒、廣譜殺菌劑，對細菌繁殖體、芽孢、病毒、黴菌均有殺滅作用。因此可用它來進行殺菌、消毒。
由於它有腐蝕性，必須按比例稀釋後使用，否則會造成灼傷，它也不能用於人體皮膚消毒，一旦有過氧乙酸消毒液濺到皮膚上或眼睛裏，應當立即用流動的清水沖洗，以免造成燒傷。
使用過氧乙酸時應防止損壞物品，不得用於精密儀器和鋒利的器械消毒，擦拭消毒後立即用水擦洗乾淨。因其具有漂白作用，鮮豔的花色紡織品亦不可用過氧乙酸浸泡。
