POS機的手續費率正常是按照交易量的百分比進行扣除，按行業不同扣的費率也是不同的，費率的標準從0.5%到4%之間。正常情況下零售業的刷卡手續費率在0.8%-1%，超市是0.5%，餐飲業是2%。
POS機刷卡手續費是由商户來承擔的。商户與銀聯或者收單機構達成協議，用這種刷卡結算的服務，並相應地向對方支付一定的手續費。所以POS機刷卡手續費會在銀行（髮卡行）、收單機構和銀聯之間進行分配，分配比例為7:2:1。
信用卡按照單筆金額的0.60%計費，不封頂。例如刷1000元信用卡時，扣除手續費6元；刷10000元信用卡時，扣除手續費60元。
