水體富營養化後會導致水的透明度降低，使陽光難以穿過水層，影響水中植物的光合作用，造成水體的溶氧量下降，影響水體中魚類的生長。水體富營養化後，水體表層會有大量的綠藻或藍藻，水體底層的有機物質會會產生有害氣體，這時水體會變臭，影響使用。
水體富營養化的解決方式：
水體富營養化後，首先需減少或者截斷外部營養物質的輸入，控制外源性營養物質，監測排入水體的廢水和污水中的氮、磷濃度。
挖掘底泥沉積物、進行水體深層曝氣、注水衝稀以及在底泥表面敷設塑料，在有條件的地方，用含磷和氮濃度低的水注入湖泊，可起到稀釋營養物質濃度的作用。
還可以在水中種植大型水生植物，如鳳眼蓮、蘆葦、狹葉香蒲、加拿大海羅地、多穗尾藻、麗藻、破銅錢等。
