臭豆腐按照工藝可以分為發酵和非發酵兩種。市場（或超市裏）的發酵臭豆腐，是在豆腐的基礎上發酵而來，而街頭上賣的油炸臭豆腐則屬於非發酵臭豆腐。
前者的臭味來源於微生物（常採用黴菌或乳酸菌）發酵蛋白質，產生的硫化物（例如二甲基二硫、二甲基三硫、二甲基四硫）、吲哚和部分具有臭味的氨基酸（例如丙氨酸）。非發酵臭豆腐的臭味來源於臭滷水。
發酵臭豆腐，因經發酵過程，部分蛋白質被分解成更有利於消化吸收肽、氨基酸。另外發酵過程還會生成維生素B12，維生素B12多存在於動物性食品，在植物性食品中含量甚微，因此素食者常常缺乏，但是發酵豆製品，包括臭豆腐中維生素B12含量較豐富，是素食者補充維生素B12的食物來源之一。
