薺菜通常是在春季開花的，具體是4月前後，5月份就可採收種子了。發現薺菜的種子由青變黃，七八分熟的時候就可採種，選在晴天的時候採收，直接將薺菜割下來，然後攤在地上晾曬，將種子搓出來，揚淨就行。種子還要晾曬處理，通常需要晾曬三天，晾曬之後裝瓶等到播種期再取出播種就行。
如何從野生薺菜中採種？
野生薺菜類型較多，常見的有：①闊葉型薺菜：形如小菠菜，葉片塌地生長，植株開展度可達18～20釐米，葉片基部有深裂缺刻，葉面平滑，葉色較綠，鮮菜產量較高。②麻葉（花葉）型薺菜：葉片塌地生長，植株開展度可達15～18釐米，葉片羽狀全裂，缺刻深，細碎如飛廉（Carduus crispus >L.）葉型，綠色，食用香味較好。③紫紅葉薺菜：葉片塌地生長，植株開展度15～18釐米，葉片形狀介於上述兩者之間，不論肥水條件好壞、長在陰坡或陽坡、高地或凹地，葉片葉柄均呈紫紅色，葉片上稍有茸毛，適應性強，味佳。
選苗採種方法是，在冬季或早春，可到田野裏挑選種苗，將三種類型薺菜分挖、分放，也可根據選種目的，挑選其中一種類型。然後將種苗定植在經過施肥和精細整地的零星熟土菜地上（注意不同類型之間需進行隔離），成活後注意澆水施肥，防治蚜蟲，使植株正常開花結莢。在種莢發黃，種子八成熟時收割，以免過熟後“炸莢”使種子散落。將收回的種莢攤於薄膜上晾乾搓揉，取出幹種子精細保管待用。
薺菜如何選留種？
人工栽培薺菜進行選留種，能迅速增加薺菜種子數量，擴大種植面積，而且建立留種田能省卻從野生地採種的諸多麻煩。根據上海多年的經驗，薺菜選留種應抓好以下關鍵：
（1）精選留種田
一般選擇9月下旬至10月初播種的遲播田塊作為種子田。選擇地勢高爽，品種純度高，生長健壯，無病蟲害的薺菜田作為留種用。
（2）堅持株選標準
當春節來臨，在留種田挑收薺菜時，應着眼於選留好種株。例如，在板葉薺菜種子田裏，應將符合板葉薺菜特徵的健壯植株留下來，剔除一些非板葉薺菜植株，將長勢差而小的、有病蟲害的植株挑去上市。使種株的株行距保持15釐米，以利種株間有均勻的生長空間，促使其平衡生長，提高種子產量。因薺菜原屬野菜，品種混雜，只有堅持株選，才能有效地提高種性純度，確保下一熟商品菜優質高產。
（3）做好種子田的管理工作
前期的肥水管理、除草、防蟲等措施與商品薺菜田相同。但在2月份去雜去劣後，必須追施腐熟淡水糞1次，促使種株發好棵，使其根深葉茂，營養生長健壯。在抽薹現蕾後，應增施磷、鉀肥，可結合防治蟲害，在農藥內加入0.3%的磷酸二氫鉀液噴施。這不僅能增強種株的抗逆能力，而且有利於多結莢並促進籽粒飽滿。平時要特別勤查勤防蚜蟲。即使至4月20日種莢已進入結莢乳熟期，仍應防治蚜蟲一次，否則會因蚜蟲猖獗而使籽粒不飽滿，造成種子歉收。平時也須做好修溝理溝工作，以防雨水多時造成澇災。
（4）適時採種，及時脱粒曬乾貯藏。
薺菜種株的成熟，一般在4月底至5月初，當種株花已謝，莖微黃，從果莢中搓下種子已發黃時，為九成熟。這時採收最為適時。如過早採收，則種子成熟度不夠，產量低，質量差。過遲採收，種子散落造成浪費。一般在晴天的早晨進行採收，中午不要收割，以免果莢裂開，種子散落。在收曬過程中，應隨時搓下種子，隨即薄攤於竹匾中，曬時不要翻動。第一次脱粒的種子質量最好，以後脱粒的稍次。在正常年份，一般每667米2種子產量可達25～30千克。
