淮安府山陽（今淮安區）、清河（今淮陰區）二縣之間的運河沿岸，因瀕臨淮水，故以“清江”命名。
眾所周知，明成祖朱棣當政後的一大壯舉，是派遣鄭和七下西洋。鄭和麾下數以百計的大型海船，分別在南京龍江寶船廠及福州長樂建造。朱棣及鄭和相繼去世後，下西洋行動中止，海船需求量大減，龍江寶船廠業務逐漸萎縮，取代其造船業中心地位的，是專造內河漕船的淮安清江督造船廠。
據明代《漕船志》記載，弘治三年至嘉靖二十三年（1490～1544年），清江督造船廠每年實造船隻數量大體穩定，年均519艘，加上嘉靖初年併入的衞河船廠年均生產113艘，合計年造632艘。換句話説，在半個世紀裏，這家超大型“國企”，至少有三萬艘船出廠下水。
隨着時間推移，漕運環境發生了變化。如順治初年至康熙年間（1644～1722年），全國漕船數為14500艘上下，雍正四年（1726年）減少到約6400艘，此後直到咸豐元年（1851年），都維持在此數量上。漕船需求量減少之外，黃淮又經常氾濫，阻斷漕路，令造船物料不能按時送達，加之船政弊端叢生，清江造船廠逐步遭到裁撤。
當年造船需要大量木材，船廠本應就地取材，如明太祖洪武年間，供應遼東糧餉仍實行海運，除南京龍江船廠造一部分外，大多數海船由木材主要產地湖北、四川修造。明成祖永樂年間的漕船船廠規劃，卻放棄“羣商四會，百木交集”的長江重要口岸蕪湖和儀真（今儀徵市），反而選在遠離原材料產地的淮安清江，這又是為什麼呢？
原來永樂初年，江南民間徵納的糧餉，都是先經運河集中送到淮安常盈倉（漕糧四大名倉之一），再由“漕軍”轉運北上。淮安地處大運河與淮水交匯處，南接長江，東近大海，為“江淮之要津，漕渠之喉吻”，對明朝的國家糧食安全至關重要，所以船廠選址有更高層次的戰略考慮，木材採辦之遠近，反成次要因素。
當然，淮安的漕運造船業中心地位，並非一開始就確立的。永樂年間，明廷分別在淮安及山東運河城市臨清興建清江、衞河兩船廠，清江船廠負責製造南京、湖廣、江浙等南方地區的內河漕船，衞河船廠負責製造用作海運的遮洋船，以及山東、北直隸等北方地區的內河漕船。後來南北各地爭相自行上馬造船項目，與清江、衞河二廠競爭，經過近百年風雨輾轉，各船廠管理日漸鬆散，造船質量參差不齊，甚至發生廠家中途拆舊船充數，或賣船捲款而逃的荒唐事。
直到明嘉靖三年（1524年），經工部尚書上奏建議，決定裁撤臨清的衞河船廠管理機構，將其下屬的十八個分廠併入清江船廠，與清江原來轄下的京衞、中都、直隸三大廠並列，常年有工匠不下5000人（通常是徵勞役，可以納銀代役，由船廠另外僱工），每年造船量增至630多艘，成為明代唯一的國營漕運造船廠。其他地方造船廠，雖仍歸屬地管理，但計料修造，要受清江督造總廠監管指導。
永樂朝之後，漕運制度日漸完善穩定，到明英宗天順年間（1457～1464年），額定天下船數11700餘艘（內河漕船為多，遮洋海船約500餘艘），“漕軍”12萬人以上。而當時由清江船廠監製統轄的船隻，為6880餘艘，接近總額六成。
據明代《漕船志》記載，弘治三年至嘉靖二十三年（1490～1544年），清江督造船廠每年實造船隻數量大體穩定，年均519艘，加上嘉靖初年併入的衞河船廠年均生產113艘，合計年造632艘。換句話説，在半個世紀裏，這家超大型“國企”，至少有三萬艘船出廠下水。
