上海交通大學最好的王牌專業有機械工程、船舶與海洋工程、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、臨牀醫學、電氣工程等專業。
上海交通大學有17個學科入選雙一流學科名單，居於國內高校前列，具體學科包括：數學、化學、生物學、機械工程、材料科學與工程、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、土木工程、化學工程與技術、船舶與海洋工程、基礎醫學、臨牀醫學、口腔醫學、藥學、電子電氣工程、商業與管理。
機械工程、船舶與海洋工程、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、臨牀醫學、電氣工程、材料科學與工程等專業的報考熱度持續上漲，也是上海交大的王牌專業。
機械工程專業：設置於機械動力學院，該學院已經完成了國際化評估，由世界知名學者組成的評估專家組認為，該學院的專業取得了顯著進步，整體實力接近世界前50名，部分研究領域已經躋身世界一流。目前，該學院已被列入國家17所教育體制試點學院之一，並圍繞"建立培養具有國際視野的創新人才為根本任務的世界一流學院"的目標，在人才培養、師資隊伍、科學研究和體制機制幾個方面取得了一系列進步。
臨牀醫學專業：設置於上海交大醫學院。該學院前身是由聖約翰大學醫學院(1896-1952)、震旦大學醫學院(1911-1952)、同德醫學院（1918-1952)於1952年全國高等學校院系調整時合併而成的上海第二醫學院，1985年更名為上海第二醫科大學，在1997年，學校通過了“211工程”立項。2005年7月，上海交通大學與上海第二醫科大學合併，成立了新的由教育部、上海市政府重點共建的上海交通大學醫學院，進入“985”高校行列。2010年11月，該學院成為衞生部與教育部合作共建的第一批十個重點高校中的一員。
電氣工程與自動化專業：上海交大電氣工程與自動化專業課老師授課水平很高，專業在全國各高校中排名靠前，本科課程強弱電均有涉及，包括通信原理，數字信號處理，自動控制原理，硬件設計，變電站電氣設計等等，實驗室資源比較豐富。
船舶與海洋工程專業：作為我國船舶與海洋工程高等教育和科研的策源地，培養了第一艘萬噸輪總師、第一艘核潛艇總師、第一艘航空母艦總師、第一艘7000米載人潛水器總師、第一艘3500米無人遙控潛水器總師等一大批技術專家、管理骨幹和領導幹部，為行業提供了人才、科研、試驗技術等全方位的支撐。
工商管理專業：上海交通大學安泰經濟與管理學院中工商管理專業很強，全院的師資隊伍整體素質高，結構合理，具有較高的學術水平和較強的研究能力，學院先後獲得AMBA（國際MBA協會）、EQUIS（歐洲質量發展體系）和AACSB（國際精英商學院協會）國際認證，成為國內唯一一家同時獲得三項國際頂級認證的商學院。
